Το Γυμνάσιο Μαλεσίνας λειτούργησε σαν παράρτημα του Γυμνασίου Αταλάντης περίπου το 1964.
Ιδρύθηκε σύμφωνα με το ΦΕΚ 49 Βασιλικό Διάταγμα 210/31-03-1972.
Στεγαζόταν σε μία αίθουσα στο χώρο του σημερινού νηπιαγωγείου και σε δύο αίθουσες μισθωμένες σε γειτονικό κτήριο. Στην συνέχεια για τρία χρόνια στεγάστηκε στο χώρο του Δημοτικού Σχολείου και από το 1982 κατασκευάστηκε το σημερινό κτήριο.